你的判断方法和策略是对的，我的处理方式是：

Local NHANDLE

SYS_EXE_TITL = "你的应用程序主窗体标题"
Declare Long FindWindow In User32 String lpClassName, String lpWindowName
NHANDLE = FINDWINDOW(0, SYS_EXE_TITL)
If NHANDLE<>0
    =Messagebox(SYS_EXE_TITL+"程序已经运行!!"+Chr(13),0+16+0,"错误!")
    Release NHANDLE  && 释放句柄
    Clear Dlls
    Return
Endif

Release NHANDLE
Clear Dlls
* 后续代码.....