你总得告诉我输入文件内容吧？！

我用你以前发的那个“结果22.txt”输出是65534行，之所以少两行，是因为我没有输出数量为0的八联体。如果你想全输出，只要将
if( octamer_count[i] == 0 )
    continue;
删除掉就行了

输入文件其实就是看作有几千万个碱基字符构成的一个字符串，碱基字符只有A、T、C、G四种，N只是未知碱基，不只是四种中的哪一个。
请问一下，我刚才想试着改成六联体，但老是不对，请问怎么改呀？   
我的想法是65536改成4096
(octamer*4+0)%65536;    将4改成3

if( octamer_n < 8 )
                    continue;
                octamer_n = 8;     8改成6

for( j=65536/4; j!=0; j/=4 )       4改成3
但是不对，请问哪错了呀，谢谢！！！！

一个问题一个问题的来，别一下子连扯几个问题，混乱得都不知道谁和谁。

还是一开始的问题，你说“您的输出是65608个，多了72个”，请给出你的测试文件。

不好意思，当时我操作好像有错误，现在运行对了，非常抱歉！！！！

那我要就最新的问题说了，我要改成六联体，我的那种改法哪里错了？谢谢！！！

将下面代码中的 #define N_A 8 改为 #define N_A 6 就行了

#include <stdio.h>

#define N_A 8
#define N_B (1u<<(2*N_A))

int main()
{
    unsigned long octamer_count[N_B] = { 0 };

    ////// 1 //////
    {
        FILE* file = fopen( "result22.txt", "rb" );
        if( !file )
        {
            puts( "cannot open the input file.");
            return 1;
        }
        {
            unsigned long octamer;
            unsigned long octamer_n = 0;
            char c;
            for( ; fread(&c,1,1,file)==1; )
            {
                switch( c )
                {
                    case 'A':
                        octamer = (octamer*4+0)%N_B; ++octamer_n; break;
                    case 'T':
                        octamer = (octamer*4+1)%N_B; ++octamer_n; break;
                    case 'C':
                        octamer = (octamer*4+2)%N_B; ++octamer_n; break;
                    case 'G':
                        octamer = (octamer*4+3)%N_B; ++octamer_n; break;
                    case '\r':
                    case '\n':
                        continue;
                    default:
                        puts( "Fuck" );
                    case 'N':
                        octamer_n = 0;
                        continue;
                }
                if( octamer_n < N_A )
                    continue;
                octamer_n = N_A;

                ++octamer_count[octamer];
            }
        }
        fclose( file );
    }

    ////// 2 //////
    {
        FILE* fileout = fopen( "result22_ouput.txt", "wt" );
        if( !fileout )
        {
            puts( "cannot open the output file.");
            return 2;
        }
        {
            unsigned int i, j;
            for( i=0; i<sizeof(octamer_count)/sizeof(octamer_count[0]); ++i )
            {
                if( octamer_count[i] == 0 )
                    continue;
                for( j=N_B/4; j!=0; j/=4 )
                    fprintf( fileout, "%c", "ATCG"[i/j%4] );
                fprintf( fileout, " %u\n", octamer_count[i] );
            }
        }
        fclose( fileout );
    }

    return 0;
}

非常谢谢您，完全对了，谢谢！！！

#define N_B (1u<<(2*N_A))  中   这个(1u<<(2*N_A))是计算4的6次幂的，对吧？

                        case 'G':
                        octamer = (octamer*4+3)%N_B; ++octamer_n; break;    octamer*4+3，乘4加3什么意思呀？
                  
        
            for( i=0; i<sizeof(octamer_count)/sizeof(octamer_count[0]); ++i )     sizeof(octamer_count)/sizeof(octamer_count[0 ]它是用来得到4096吧？
           
                for( j=N_B/4; j!=0; j/=4 )          这一行有点看不懂
                    fprintf( fileout, "%c", "ATCG"[i/j%4] );   
         
谢谢了，请您指教！！！！！

#define N_B (1u<<(2*N_A))  中   这个(1u<<(2*N_A))是计算4的6次幂的，对吧？
------ 对

octamer*4+3，乘4加3什么意思呀？
------ 将ATCG分别看作0123，则ATCG组成的任何字符串都可以表示为一个4进制的数
比如 GTCC 就是4进制的3122，4进制的3122 换成数就是 (((0*4+3)*4+1)*4+2)*4+2=218

sizeof(octamer_count)/sizeof(octamer_count[0 ]它是用来得到4096吧？
------ 对，求数组的元素数目

for( j=N_B/4; j!=0; j/=4 )          这一行有点看不懂
------ 如果问题“octamer*4+3，乘4加3什么意思呀？”看懂了，这个就是将一个数再回到4进制去

非常感谢   这下完全看懂了   谢谢您！！！！！