#include<stdio.h>
#define N 40
int readscore(int score[]);
int compare(int score[],int i);
int main()
{
    int score[N] ;
    readscore(score);
    printf("学生总数是%d\n",readscore(score));
    compare(score,readscore(score));
    printf("不及格人数是%d",compare(score,readscore(score)));
    return 0;
}
/*函数功能：读取成绩，返回学生人数。*/
int readscore(int score[])
{
    printf("输入学生成绩\n");
    int n=-1;
    do
    {
        n++;
        scanf("%d",&score[n]);
    }while(score[n]>=0);
    return n;
}
/*函数功能：累加不及格的人数。*/
int compare(int score[],int i)
{
    i=0;
    do
    {
        if(score[i]>=0&&score[i]<60)
        i++;
        else
        continue;
    }while(i<=readscore(score));
    return i;
}

首先我问你一个 问题 用户 输入 -1000000 怎么办~？他 及格了吗？~    if(score[i]>=0&&score[i]<60)

...

一看就是半瓶水的，人家的输入里面已经写while(xx>0)了，所以遇到负数就结束了，不过也只能在输入负数的时候停止

楼主的错误呢就一个，
int readscore(int score[])
{
    int n=-1;
    printf("输入学生成绩\n");//这里要把定义变量放在最前面，就行了
    do
    {
        n++;
        scanf("%d",&score[n]);
    }while(score[n]>=0);
    return n;
}

就是楼主的这个程序很烦躁，要输入那么多次，应该是在一开始输入一次，然后后面就用这个存储分数的数组来处理了
这个再修改下吧