[求助]eclipse+MyEclipse+tomcat+tomcat插件，web.xml出现问题

我配置完后，新建一个web project。在WebRoot的WEB-INF下，自动生成一个web.xml文件，内容如下

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<web-app version="2.4"
xmlns="http://java.sun.com/xml/ns/j2ee"
xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
xsi:schemaLocation="http://java.sun.com/xml/ns/j2ee
http://java.sun.com/xml/ns/j2ee/web-app_2_4.xsd">

</web-app>

然后我发布这个工程
然后启动tomcat(我用的是4.1)。这是会有如下错误信息
2006-7-12 17:16:44 org.apache.commons.digester.Digester error
严重: Parse Error at line 6 column 52: Document root element "web-app", must match DOCTYPE root "null".
org.xml.sax.SAXParseException: Document root element "web-app", must match DOCTYPE root "null".

在浏览器中输入地址，不影响你的页面的正常显示。

我把那个自动生成的web.xml内容改变如下
<?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1"?>

<!DOCTYPE web-app
PUBLIC "-//Sun Microsystems, Inc.//DTD Web Application 2.3//EN"
"http://java.sun.com/dtd/web-app_2_3.dtd">

<web-app>
<display-name>Welcome to Tomcat</display-name>
<description>
Welcome to Tomcat
</description>
</web-app>
重新启动tomcat，就没有上面的错误信息。

请问这是什么原因？
难道我的配置有问题？