关于C#的编译问题

书上说：用.NET Framework编写的应用程序首先编译为CIL。在执行应用程序时，JIT吧CIL编译为本机代码。应用程序编译后，把不同的部分链接到包含CIL的程序集中。

我的问题是最后一句 ：(1)（应用程序编译后，)，这一小段是指应用程序编译为CIL还是编译为本机代码？
                     (2)把不同的部分链接到包含CIL的程序集中。这一段怎么理解？

谢谢