Matlab GUI调用外部程序生成exe，DOS窗口输入问题

在设计GUI过程中，需要调用一个外部程序，该外部程序通过CMD窗口显示信息和输入指令。在matlab环境下运行该GUI，可以在命令行窗口中显示信息以及输入指令，在外部程序运行到一半是需要输入Enter以继续运行该外部程序。但是，将GUI生成独立可执行程序后，在DOS窗口中能显示外部程序的信息，但是不能输入指令Enter，程序无法继续进行。请问我该怎么修改程序或添加什么代码让程序继续运行。