新人求助！谢谢

现在要编一个基因序列（FASTA格式）的程序，格式如下：一共要有几百万行数据，每两行为一组，格式为：第一行解释行(>NO(编号，共8位)_len(长度，共两位)_read(读取次数，长度不一定））第二行序列行是碱基序列不要处理。
                 ex： >00000001_22_52
                      ACCCTTGGGCTACGTTAGAGAG
                      >00000002_21_4
                      AGTGTAGTGACGCTAGTCGATG
                   以此类推，现在需要提取出来长度为22，读取次数大于50的解释行以及序列行，我想用字符串的形式，但是不知道怎么把提取出来的字符串放到文件中。
 以下是我的代码，问题肯定很多，新手上路，很需要大神提点帮助，小妹感激不尽！
#include <iostream>
#include<fstream>
#include<string>
using namespace std;
void miRNA()
{
    fstream fin,fout;
    fin open(" ",ios::in);
    fou.open(" ", ios_base::out|ios_base::app);
    string s,a,b;
    while(getline(fin,s))
    {
        a=s.substr(0,1);
        if(a=='>')
        {
            b=s.substr(10,2)
                if(b=='22')
                {
                    c=s.substr(13,2)
                        if(c>='50')
                            cout<<s;
                }
        }
    }