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a5152002010-09-12 23:37
 我把几个月前的贴给拉出来了import re for i in re.findall('(\d+-\d+)',string): print i else: for i in re.findall('([a-zA-z]{20,})',string): print i [ 本帖最后由 a515200 于 2010-9-22 02:38 编辑 ] |
现有个ffn格式文件，大致如下：
>ref|NC_000913.2|:190-255 thr operon leader peptide [Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655]
ATGAAACGCATTAGCACCACCATTACCACCACCATCACCATTACCACAGGTAACGGTGCGGGCTGA
>ref|NC_000913.2|:337-2799 fused aspartokinase I and homoserine dehydrogenase I [Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655]
ATGCGAGTGTTGAAGTTCGGCGGTACATCAGTGGCAAATGCAGAACGTTTTCTGCGTGTTGCCGATATTC
TGGAAAGCAATGCCAGGCAGGGGCAGGTGGCCACCGTCCTCTCTGCCCCCGCCAAAATCACCAACCACCT
GGTGGCGATGATTGAAAAAACCATTAGCGGCCAGGATGCTTTACCCAATATCAGCGATGCCGAACGTATT
TTTGCCGAACTTTTGACGGGACTCGCCGCCGCCCAGCCGGGGTTCCCGCTGGCGCAATTGAAAACTTTCG
TCGATCAGGAATTTGCCCAAATAAAACATGTCCTGCATGGCATTAGTTTGTTGGGGCAGTGCCCGGATAG
我想读取该文件，只需得到着色区域的内容，将碱基存取到二维数组里面，方便后面的统计工作，希望大家能帮个忙，本人对python不是特熟悉